無論是消毒柜還是其他廚房設備，都有它自身的工作原理，消毒柜的消毒原理可以概括為下面兩點。
1. 紫外線消毒柜的原理
紫外線消毒柜的滅菌原理是經過紫外線對細菌、病毒等微生物的照射，以損壞其機體內 DNA的結構，殺死細菌或損失繁衍才能。 DNA 對波長 253.7nm 的紫外線吸收最強。紫外線的滅菌作用與其照射強度和總的照射量有關，一般可達殺滅率≥ 99 %。
2. 高溫消毒柜原理
高溫消毒是通過把溫度加熱到100 ℃，并保持15分鐘以上，從而達到殺菌的目的，這種高溫殺菌主要包括了:細菌、病毒在內的微生物機體。高溫消毒柜一般是采用遠紅外線加熱方式，電熱元件通過加熱空氣或產生輻射熱，器具受高溫持續作用一段時間后，其表面的細菌、病毒等微生物機體蛋白質組織變形，從而被殺滅。
高溫消毒柜的分類：高溫消毒柜一般分為一星級消毒柜和二星級消毒柜。其區分的依據，就在與他們的殺菌效果的不同，一般一星級消毒柜要求消毒柜內溫度達 100 ℃以上，可殺死大腸桿菌、金黃色葡萄球菌等細菌，殺滅率達 99.9 %，但不可殺滅乙肝病毒。
二星級消毒柜要求消毒柜內溫度達 120 ℃以上，除可殺死一星消毒柜能殺死的細菌外，還可殺滅乙肝病毒和脊髓灰質炎病毒等病毒，殺滅率達 99.9 %。但對無機化學毒物及少數特殊的生物病毒則不起作用了。
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